《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
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男主角段飞（韩志硕饰演）是极富英雄魅力的特种兵男神，平时吊儿郎当痞子气，但是极富正义感，关键时刻往往一招制敌，各种见义勇也为自己赢得了各种“烂桃花”，被“指腹为婚”给（赵予熙饰演）的云诗彤，这对“名义上”的夫妻互相较劲，堪称欢喜冤家。凭借一流的身手和一流的机警，帮助云诗彤在生意上击败对手，暗中护花，挫败各种刺杀，两人并肩闯过重重难关，最终改变偏见，终成眷属。
红军战士王小红（王珞丹 饰）出身贫寒，长大后连自己的亲娘是谁都不知道。为给根椐地伤员募化急需的西药，领导上派她下山执行任务，小红化妆成待嫁新娘做进花轿，她想去找开药铺的爹想办法，不料途中遭遇下山打劫的土匪，连人带轿被掳上了黒龙山。原来这是梅家大少爷梅贤祖（杨志刚 饰）与土匪串通好，本想抢被军阀马戎（刘威 饰）霸占的老相好，不料阴差阳错抢错了人。马戎闻讯大怒，立刻带人杀上黑龙山，激战中匪首黑木蛟（黑子 饰）受伤逃脱，小红因陋就俭为他取出子弹，为报救命之恩，他帮小红在玉屏开设一家西医诊所，毎日病人磨肩接踵。被百姓称为上界下凡济苍生的“红娘子”...
人过中年的杨树（赵立新 饰）和阿琴（闫妮 饰）是一对爱情早已归于平淡、终日为了生计而奔波不休的夫妻。杨树原为大学教授，后来偷偷辞职进入药厂搞起研发，由于对工作投入了过多的精力，自然而然疏忽了对家庭的关怀。偶然得知真相的阿琴大为气恼，虽然她现在是大厨房的明星主厨，但是为了丈夫的事业和家庭也曾牺牲过自己的梦想。气急之下，阿琴提出离婚，缺乏沟通的二人终于到了无法挽回的地步。在此之后，杨树的研发取得了阶段性的成果，事业出现转机。得知消息的阿琴虽然大为惊讶，却一再拒绝前夫的示好，并有意开始一段新的婚姻。路途漫漫，彷徨无措，都市男女各自寻找着心中笃定的港湾……
高二下学期，处在浮瓜村食物链顶端的苏翘同学迎来了新同桌林子路，来者不善，这个男生简直是天降扫把星。他害苏翘跌进泥坑在学校被罚,更离谱的是要借住苏翘家，抢了她的卧室。苏翘心心念念都是“同学，你什么时候从我家搬走？”。 之前是个小艺人的林子路不仅没搬走，还很快跟同班的关今今、房梁、王年宇成为好朋友，酷帅男孩逐渐被同化为显眼包。他们一起干农活、一起经营小卖部、一起赶海、一起学习、一起在老屋冒险中享受着来自彼此的治愈。房梁多年来的不懈告白得到了关今今的回应，而林子路在临走前和苏翘互相告白，至于王年宇，他心里只有养猪。 高三来临，每个人都有了更清晰的目标。他们约定在大学再见
1929年蒋桂战争爆发，军阀势力割据。共产党员覃文邕肩负争取桂系武装力量的任务来到南宁，要争取的对象是义兄章云林，义弟满海子因误会投奔蒋介石。三兄弟因立场和信仰不同，展开了较量。章云林在革命的感召下，揭竿起义，最终为革命献身，战死沙场。满海子经历种种矛盾冲突，了解事实真相，战死沙场。覃文邕的亲密爱人林瑶，经历种种考验，追随覃文邕加入共产党。
湖城市公安局刑侦支队组建第9大队，从省厅征召挂职锻炼的刑警罗克任大队长。刚从公安大学攻读硕士毕业的民警舒悦也被分配到第九大队，她惊喜地发现队长罗克正是她在公安大学曾经的导师。其时，发生穆春阳副局长坠楼事件，初步判断疑似自杀，一时间传言四起。罗克缜密分析，找到了真正的案发现场，确定穆春阳是被害。他通过穆笔记本上记录的零散图形，敏锐地察觉到穆局长生前实际上正在暗中调查一起陈年遗案。罗克循着穆春阳留下的案件线索，抽丝剥茧一路追踪，终于拨开迷雾，把杀害穆局的真凶缉拿归案，发生在15年前一起劫案的真相也就此破解。全体队员在穆春阳烈士的墓前庄严宣誓：将用自己的热血和生命捍卫人民警察的荣誉和法律的尊严。严惩罪恶，保湖城人民一方平安。
太平盛世，百姓安居乐业，一片祥和。大将军盛骁靖之子盛楚慕（许凯 饰）从小被母亲宠溺，是长安城里有名的纨绔子弟。一次广州远游，盛楚慕偶遇绣坊商户家的小姐傅柔（李一桐 饰），对其一见倾心，装作文武双全的有识之士誓要抱得美人归。几次接触之后，傅柔察觉到盛楚慕实则不学无术，对他失望不已。盛楚慕决心为 了爱情而改变自己，学习兵法武艺，终而赢得了傅柔的青睐。确定心意的二人回到长安，傅柔阴错阳差进宫成为女官，盛楚慕也被迫加入军队。二人为了爱情而接受考验，也在这一成长过程中看清了自己肩上的责任，携手拯救家国危机，为国家的繁荣兴盛、百姓的安康和乐贡献自己的力量。
该剧讲述了沈嘉月（陈芳彤 饰）被丈夫楚靖炎（陈名豪 饰）和邬琉璃设计陷害而死，而后重生复仇，改写命运的故事。
