自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
过着平凡人生的平凡上班族，某天准备出门上班时心脏病发，醒来时已经成为异世界某个弱小贵族家的嫡子「亚尔斯」。到了这个世界，亚尔斯还是一样平凡，只是多了能将别人的能力化为数值的「鉴定」能力。得知自己的国家转眼就要爆发战乱后，亚尔斯为了生存并且保护领地与领民，决定用「鉴定」能力四处网罗优秀人才，从无到有打造超强领地！
因为工作需要而潜入魔宫的冒险家‧阿始，遇见了肚子饿的少女‧莉露。不忍心丢下遭到父母亲抛弃，无依无靠的她——…「如果你想当我的同伴，那就别再哭了！」于是他们两人开始一起生活。但是莉露她并不是「单纯的」少女……？
疼爱独生女零花的微不足道上班族‧鸟栖哲雄，某天因为工作关系和开始一个人生活的零花相约见面，却发现她脸上有被殴打的痕迹。在回家的路上，哲雄看见了像是犯人的男人，并尾随在其後。隔天偷偷回到女儿的公寓，结果却发生了使整个家庭的命运为之一变的事件。父亲为了女儿、为了家庭，走上了修罗之道。高潮迭起的悬疑故事开幕。
主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。
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少女们的日常，时而战斗，时而不战斗？TV动画《刀使之巫女》与手机游戏《刀使之巫女 刻印一闪之灯火》的角色们变身迷你版大集合！
