自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
一切的开始追溯到1987年9月，在日本某处发生的离奇事件。事件发生之后的10多年来一直和未知的威胁对抗的火岛博士和与那岭博士组成了开发小组并在双神岛建设了研究所，著手进行地球制弹劾凰机械人的开发计划。多年后，终于完成了称之为“素体”的机械人原型机体。但是，就在这时候，主张此后的量产计画应以生产导向及效率为优先的无人驾驶机械人的火岛博士和为了防止万一机械人不听指挥发狂时的危险性的有人驾驶机械人的与那岭博士之间产生对立。经过长久激烈的争论后，火岛博士的提案因为危险性太高的理由被驳回而决定生产有人驾驶的机械人。火岛博士同时也被逐出研究所。
我们为什么要这麼做……？哈尔希洛回过神来，才发现自己身处在黑暗当中，他完全不知道自己人在何处，也不明白这个地方是哪里。他的身边有一群和他一样失去记忆，只记得自己名字的男女；而离开了地底後，等待著众人的是一个「宛如游戏」的世界。为求生存，哈尔希洛与自己有著相同境遇的夥伴们组成队伍、学习技能，以义勇兵见习者的身分踏入了这个世界--「格林姆迦尔」。没有人知道未来会遇见什麼……这一切，就是从灰烬之中所诞生的冒险谭
岩仓光美以全班第一的成绩从农村地区的一所小型初中进入了东京的一所高标准高中。
