成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
距今超过六千年的远古世界，天地割裂的凄惨战争持续不断，毫无还手之力的人类被拥有强大力量的各个种族逼入绝境，濒临灭亡。此时率领人类的年轻领袖里克，与机凯种少女休比偶然相遇。被同伴抛弃的休比，为了修复故障，拜托里克把“人类的心”告诉自己。机凯种少女的单纯与真诚，使得里克对休比逐渐放下戒备、敞开心扉，二人感情亦日渐升温。最终二人带领人类共同面对终极一战，少女休比也将面临恋人与生命的残酷抉择。末日来临，在251秒的时间里，赌上一场深情告白。
喜欢收集蜗牛的女孩格蕾丝（莎拉·斯努克 Sarah Snook 配音）在被迫与双胞胎吉尔伯特（柯蒂·斯密特-麦菲 Kodi Smit-McPhee 配音）分开后，结识了古怪的老奶奶萍奇（杰基·韦佛 Jacki Weaver 配音），逐渐找到新的希望和快乐。
虽然看起来平凡无奇，但其实是流氓第二代的高中生·一条乐，遇上了转学到班上的美国黑帮大小姐·桐崎千棘。个性合不来的两人，总是天天吵架。但此时，双方的父亲，却要他们为了使双方家族能和平相处，假装成一对恋人。虽然乐其实喜欢同班同学·小野寺，但迫于现实无奈的两人，还是心不甘情不愿地开始了咬牙切齿、动手动脚的“甜蜜”生活。没想到千棘在扮演情侣的过程中竟然渐渐对乐产生了好感，就在这三角恋情越来越不受控制时，父亲担任警视总监的橘万里花及担任千棘保镖的鸫诚士郎也踏进来加入战局，导致这出失控的爱情喜剧更加一发不可收拾……
公元 3084 年，人类定居星际空间，但太空仍然充满秘密 - 最先进的宇宙飞船 Delta 号由一个非常强大的电子大脑控制，负责执行对新发现星系的研究任务。Delta 计划的构想是为了建立星际文明之间的对话。外星记者 Alma 被允许登上宇宙飞船后不久，她和船长注意到控制飞船的超级大脑可以自行行动。然而，没有人指望这个人工智能会想要探索人类的情感和感觉领域。最终，他们意识到记者的美貌是大脑奇怪行为的原因。她成为了大脑的缪斯女神。这台被迷住的机器失控并威胁到周围的所有生物。
故事发生在妖精世界之中，精灵公主玛丽琳（埃文·蕾切尔·伍德 Evan Rachel Wood 配音）即将和她深爱的罗兰德（萨姆·帕拉迪奥 Sam Palladio 配音）步入婚姻的殿堂，可是，一次偶然之中，玛丽琳却发现罗兰德根本不爱自己，和自己结婚不过就是为了得到王位而已。心碎的玛丽琳陷入了悲伤和绝望之中。 罗兰德眼看自己的阴谋就要破灭，于是找到了单纯的小精灵阳光（伊利亚·凯利 Elijah Kelley 配音），花言巧语欺骗后者前往黑暗森林，那里住着会制作爱情药水的女巫蜜糖（克里斯汀·肯诺恩斯 Kristin Chenoweth 配音）。得到了爱情药水，阳光决心将它撒在玛丽琳的妹妹多恩（梅尔迪丝·安妮·布尔 Meredith Anne Bull 配音）身上，然而，沼泽大王（艾伦·卡明 Alan Cumming 配音）忽然出现，受到药水的影响，多恩竟
